极个别人对蜂蜜有过敏反应，特别是儿童，有时少量蜂蜜即便是一小茶匙就能引起全身产生荨麻疹，或者肠胃失调现象。产生过敏现象的原因尚不清楚，有人认为是蜂蜜对胃肠壁有强烈的渗透作用，使肠胃失水过多引起疼痛感，也有人认为蜂蜜中的酸类化合物会引起极少数人的过敏反应。不管怎样，为了安全起见，当人们第一次食用蜂蜜时，先少服些，没有发现异常反应再加大服用量，特别是对病人和儿童应更加注意。

急性毒性实验：分别以0.4mL/10g、0.2mL/10g和0.lmL/10g蜂蜜给小鼠灌胃1次，观察7天，大剂量组的小鼠在给药后数分钟内活动减少，有的俯伏，2h后恢复，无死亡和其他异常发生。

蜂蜜无毒性，但是毒蜜在自然界中是存在的，因误食毒蜜中毒的人并不罕见。

食生毒蜜（未经加热处理）或熟毒蜜（经加热处理）均有发病，食量超过250g以上者，中毒严重，可在短时间内引起死亡。一般症状在食用后24〜48h出现，少数人在食用后1~2h就出现。连同巢脾一起吃者，症状出现早且严重，这可能是巢脾中同时含有毒花粉的缘故。中毒的临床表现以消化系统、神经系统和肾脏等改变较为突出，如口干口苦、唇舌发麻、恶心、呕吐、头昏、头痛、发热、心慌、腹痛、胸闷、腰酸、肾区叩痛、肝大等。实验检査发现，症状较为突出的是尿液常规异常，尿相对密度降低并出现蛋白尿。发生毒蜜中毒事件后调查发现，这些地区地处偏僻山区，当地群众有收捕和饲养中华蜜蜂的习惯，取一般在春秋两季，这些毒蜜有苦、麻、涩等异味；蜜源植物调査结果表明引起蜂蜜中毒的原因是蜜蜂采取了有毒蜜源植物雷公藤和博落回的花蜜。