有许多植物如烟草、雷公藤、博落回、马醉木、黄杜鹃、毛地黄等的花蜜中含有有毒的生物碱，如放蜜蜂时不注意地域选择，就会把这些有毒的花蜜混入蜂蜜中，人食用后可发生中毒，在感官质量鉴别时可发现这种蜜有苦味、麻味等。因此在收购蜂蜜时或加工之前要检查蜂蜜中是否含有生物碱，如含有生物碱，则不能供人食用。蜂蜜具有一定腐蚀性，如用未刷过涂料的铁桶盛装，则铁、锌等金属离子会溶于蜂蜜中。重金属离子含量过高的蜂蜜若被人食用，就会发生中毒(如锌中毒)。因此盛装蜂蜜的铁桶必须事先用无毒副作用的涂料涂刷。蜂蜜含糖较高，渗透压也较高，因此不利于微生物的生长繁殖。但是未成熟的蜂密由于含水量高，则易被微生物的生长繁殖所污染。例如被酵母菌污染，可使蜂密发酵变质，表面出现泡沫。另外包装封口不严，蜂蜜吸收空气中的水分或露天存放时漏进雨水，会使蜂蜜表面浓度降低，渗透压也降低，抑菌作用减弱，从而使微生物在表层生长繁殖。因此蜂蜜含水量要少，一般比重都在1.337g/cm3以上。此外包装封口要严，室内存放时要防止吸水或漏进雨水。