蜂蜜内常有少量的酵母菌，遇到适宜的温度、湿度时便会迅速生长繁殖，分解蜂蜜中的一部分糖分，产生乙醇和二氧化碳，这种现象称为蜂蜜的发酵。室温在 10℃以下时蜂蜜不易发酵，但在较高的温度下会加速蜂蜜的发酵，当气温在14~20℃时蜂蜜最易发酵。而气温在4℃以下、30℃以上时蜂蜜则不易发酵。

发酵的蜂蜜在液体表面产生许多泡沫，甚至可溢出容器。发酵后的蜂蜜甜味变酸，品质遭到破坏，营养价值降低。含水量在20%以上的不成熟蜂蜜，容易发酵变质。另外，蜂蜜中的果糖吸湿性很强，空气湿度超过 60%时，蜂蜜的含水量也会增加。因此，储存蜂蜜时,一定要用密闭的容器，置干燥、阴凉处保存，防止发酵变质。