尽管蜂蜜具有很强的抑菌和杀菌能力，在生产、加工、包装及储运过程中如果不注意卫生要求，也会受到微生物或重金属的污染，轻者使等级降低，重者有害人体健康，成为废品。

（1）重金属污染主要是包装容器造成的。分蜜机和容器使用前要洗刷干净。采用无污染的塑料分蜜机。不将蜂蜜存放在金属分蜜机内。养蜂场用陶瓷大缸或大塑料桶储存蜂蜜。对塑料涂层钢桶，在使用前要仔细检查，不使用涂层脱落的钢桶。

（2）微生物蜜蜂采集花蜜和酿制蜂蜜时（初级来源），或在采收蜂蜜以后（次级来源），都有可能将微生物引入蜂蜜微。生物的初级来源主要来自花源，包括花蜜、花粉、花朵、尘土、水源、空气等。花蜜含有极少的微生物，花粉含的微生物较多。来源于花的微生物主要是酵母菌、霉菌。 蜂蜜里微生物的次级来源与其他食品相似，包括操作人员、容器、加工处理场所的尘土、空气、昆虫以及水等。如果在蜂蜜里发现大量（每克蜂蜜数千CFU， CFU表示菌落单位）营养型细菌，表明蜂蜜在最近通过次级来源受到了污染。标准的卫生措施和良好的加工技术能够控制次级污染。 蜂蜜里最容易发生的微生物污染是酵母菌污染：普通酵母菌在未稀释的蜂蜜中不易使蜂蜜发酵。耐高渗酵母菌（耐糖酵母菌）能够在高渗透压下生长，因此，它们甚至能在成熟蜜中生长，很容易使蜂蜜发酵。在含水18%以下的蜂蜜，每克含酵母菌不到1 000个菌体的蜂蜜，在一年内不会发酵。含水18.1%~19%的蜂蜜，要保持一年不发酵，其含酵母菌数就不能超过每克10个菌体。含水量超过19%时，只要每克含数个酵母菌，在适宜温度下就有发酵的可能。 其次，霉菌和细菌也可能在加工当中污染蜂蜜。

（3）蜂蜜的储藏 ①蜂蜜宜用陶瓷、玻璃、无毒塑料瓶、不锈钢瓶等容器密闭储存。②宜放置于阴凉、干燥、清洁、避光、通风处保存。不与异味物品混存。③每次打开容器食用后，要及时复位密封保存。