鞭毛虫（Flagellates)又称短膜虫（Grithidia mellificae)，其形态为卵圆形至长形，大小为5〜30微米，具鞭毛。

蜜蜂通过取食鞭毛虫的孢囊或营养体而被感染。鞭毛虫寄生于蜜蜂中肠和直肠的幽门区，聚合成丛生状，最终附着在肠壁上，在肠壁上可见到黑色的斑点或痂皮，形成“毛皮样”的表层。鞭毛虫的致病性很弱，大量寄生时可造成蜜蜂肠道功能紊乱。