在开始选育抗瓦螨蜜蜂之前，需要确定需要什么类型的蜜蜂。首先，要明确收入来源，是蜂蜜、授粉、蜂王、笼蜂、花粉、蜂王浆、蜂胶或是其他蜂产品，确定选育符合经济需求的蜜蜂品系。选育本身就是个淘汰过程，是通过简单可行的方法获得一目了然的结果，同时花费的劳动力较少。

花粉的生产可以直截了当的选择，因为它具有较强的遗传力、容易度量并且不需要昂贵的测试设备。蜂王浆生产也是同样如此，中国所做的研究已证明。蜂蜜生产是非常难选育的，因为有许多难以控制的非遗传变量。然而，可以选育与蜂蜜生产有关的特性，如蜂王产卵或储藏行为。一旦对经济性状有了基础选育，就要开始进行总体抗病的选育，最后进行抗瓦螨选育。在进行总体抗病选育时，首先要选择最好的蜂群进行卫生测定。采用冷冻子脾的方法，而不采用针刺蜂子法，因为冷冻法结果更加可靠。已证实，针刺法能人为地提高卫生行为。通过卫生行为的测试，能迅速淘汰易感染美洲幼虫腐臭病和白垩病的蜂群。卫生行为强的蜂群，成蜂体上的蜂螨数量较低。在智利法国学者已经发现卫生行为强的蜂群封盖子中的蜂螨较少。卫生行为测试实际上是选育抗螨蜜蜂的第一步。

经过卫生行为测试筛选，将 48 h 后有 100％卫生行为的蜂群放到同一个地方，停止用药治螨。这种生存测试称为“邦德”测试，也就是“生与死”的测试，结果很明显，即蜂群要么存活要么死亡。目前在法国有自 1993 年经“邦德”测试存活下来的蜂群。这种测试自动清除了产生无抗性雄蜂的蜂群，从而加速选育进程，减少费用。死蜂群不产生雄蜂，同时，无抗性蜂群在死亡过程中产生的蜂螨，对其他蜂群有助于保持选择压力。在自然条件下，抗性机制可能需要数年才能达到平衡。“邦德”测试可达到此目的，不过它的主要缺点是比较慢。

要加快选育进程，不时的给被选蜂群造成较正常蜂群更高的感染是很重要的，这样可刺激蜂群产生强烈的卫生反应，以便淘汰抗性弱的蜂群。可采用给无瓦螨的蜂群加入高感染率幼虫子脾（100个幼虫房有 40 个以上瓦螨），使 90％的试验群在6 个月内消除的方法，称为 “加速生死测试 ”，这种毁灭性的方法能加快生死测试的时间。如果没有储备充足的育种素材，可将想要保留的蜂王在蜂群死亡前诱入到健康群内。加速生死测试，缩短测试时间，要比其他选育方法经济，是能用来加速任何抗瓦螨选育计划的简单技术，其缺点是不能看到蜜蜂较弱的抗性反应