与“阳光”咖啡不同，在树阴中生长的咖啡（在大树的阴影中栽培的咖啡）可能支持当地原生的传粉蜜蜂，帮助维持世界上最具生物多样性的一些地区的健康。为了研究原生蜜蜂在树阴咖啡栖息地的传粉成功，Shalene Jha 和Christopher Dick在墨西哥的一个咖啡种植地区进行了Miconia affinis（一种只对原生蜜蜂的嗡嗡声做出反应释放花粉的树）的种子渊源分析的现场实验。 这组科学家发现，尽管更多的蜜蜂访问了森林中的Miconia affinis，在树阴咖啡农场中生长的树比在森林其余地区的树获得了来自更多棵雄树的花粉。原生蜜蜂在树阴咖啡栖息地里也把花粉携带得比在森林栖息地里更远。 咖啡作物覆盖了热带地区超过1100万公顷的土地，尽管此前的研究表明树阴咖啡农场可以为原生动物提供栖息地，科学家不确定这种作物对原生传粉者的影响。这组作者说，该研究提示树阴咖啡栖息地的原生蜜蜂除了能够增加作物产量，还可能有助于帮助维持其余原生树木种群的遗传多样性。