蜜蜂采集的花粉中，不可避免地存在着许许多多的微生物，其中还可能有某些病原微生物，因此对花粉进行消毒或灭菌十分必要。消毒就是用物理或化学方法,杀灭物体上或介质中的病原微生物。灭菌就是应用物理或化学方法，把物体上或介质中的微生物及其芽孢（包括致病的和非致病的微生物）全部杀死，获得无菌状态的总过程。

根据加工目的不同，对花粉的消毒或灭菌通常可采用化学方法中的喷乙醇灭菌法或物理方法中的远红外加热灭菌法、微波加热灭菌法和60Coγ射线辐照灭菌法等。

喷乙醇灭菌法：

浓度70%~75%乙醇对微生物具有最强的穿透力，灭菌效果最好，对花粉采用喷乙醇灭菌法时，应先测定花粉的含水量，然后根据花粉含水量确定将使用的乙醇浓度，使其最终浓度控制在70%~75%,如果花粉的含水量是5%，则采用75%~80%乙醇；如果花粉的含水量是12%,则采用80%~85%乙醇。花粉的含水量越高，所喷用的乙酵浓度要越高。

喷乙酵时，先将花粉平摊在台板上，然后将配好的乙醇溶液装入喷雾器中，边喷边翻动花粉，应力求喷洒均匀、彻底，喷过之应尽快将花粉装入塑料袋内密封保存，以免乙酵挥发后再次染菌。