棚室内作物所生长的环境最大的特点就是高温高湿。在这种环境下，易引起蜜蜂生理机能紊乱，发育不良，蜜蜂孵化后，不能飞行有的蜜蜂还会出现麻痹现象，在大棚前沿底边及蜂箱周围爬行，直至死亡。因此，在有利于大棚果蔬最佳生长的条件下，应考虑到蜜蜂适宜生存的环境条件，及时开启通风口，调节大棚内的温湿度，创造作物和蜜蜂共生的良好环境。

温差大，湿度大，空气污染严重是一般小型温室的另一大特点。现代化大型温室相对比较智能，完全能够达到恒温恒湿，将温湿度维持在适宜作物正常生长的需要范围。然而，大部分日光温室内缺乏升温和除湿设备，昼夜温差大，湿度大。在春冬季节，常常是夜晚温度很低（5℃左右），湿度很大（相对湿度95%以上），早晨升温缓慢，湿度也无法降低，到了中午阳光充足，温度就会快速升高到30℃以上，保持适宜的温湿度的时间很短。在这样的环境条件下，作物和蜂群都容易发生病虫害，授粉蜂群常会出现卵、虫发育不良和蛹不能正常羽化现象，群势下降十分明显，以致危及整群蜜蜂的生存。另外，温室内空气质量很差，空气中混杂着肥料和药物挥发的气体，有的温室种植过葱、蒜的土壤挥发出具有刺激性气味的气体，也有的温室用火炉等加温带来了烟雾，经常造成蜜蜂不出勤，甚至大量死亡。

作物的营养与发育是影响蜜蜂授粉效果的重要因素，缺少蜜粉源对蜜蜂生存和繁殖的影响是致命的。花粉是蜜蜂饲料中蛋白质、维生素和矿物质的唯一来源。温室内的花粉根本不能满足蜂群的需要，长期缺少花粉，幼虫和蛹将发育不良。而设施的环境条件决定了温室内作物的生长发育较自然界差，不良环境造成花器和花粉粒的发育不良、授粉和受精能力下降，于是，形成了花量少、泌蜜少、花粉少的蜜粉源条件，对蜜蜂的吸引力很小。

我国设施农业中现代化的大型连栋温室较少，绝大多数温室为面积在500平方米左右的小型拱棚温室，拱棚顶最高部位一般不高于3.2米，前后跨度在6米左右。这样狭小的空间制约着蜜蜂的飞行,造成大量蜜蜂冲撞棚膜而死亡。

由于设施农业一般会常年耕种，因而空气、土壤中有害物质或农药残留物会相对较大，同时，棚室内湿度相对较大，棚壁会凝结大量的水珠，地面有时也会积水,这些水往往含有大量有害物质。蜜蜂采集后容易引发病害，甚至大量中毒死亡。