蜂蜜发酵蜂蜜常见问题之一。由于蜂蜜能吸收空气中的水分，其自身会逐渐变稀（蜂蜜打开后及时盖紧瓶盖，不要一直敞着）；而未成熟的蜂蜜，含水量也比较高，酵母菌的生长繁殖频繁。如果酵母菌在蜜中大量繁殖，就会将蜜中糖分分解成酒精和二氧化碳，这就是蜂蜜的发酵。

蜂蜜发酵后，表面会产生越来越多的泡沫，发酵后的蜂蜜，酸度增加，品质变劣，营养成分和风味受到破坏，发酵越严重，破坏程度也越大，判断方法可以通过嗅觉，能闻到强烈的发酸发酵的气味。（南方的蜜虽容易涨瓶起沫，涨瓶起沫是个正常现象，不等于蜂蜜发酵，在这样的现象下也并不会闻到发酸发酵的气味，这两者一定要区分）

避免蜂蜜发酵需要注重蜂蜜质量，采成熟蜜（蜜蜂采花蜜后，将其唾腺分泌物装到巢房中，经过酿造使含水量降至20%以下），并在保存中加强管理，避免与潮湿空气接触，避免太阳晒，尽量放置于阴凉处或冰箱冷藏。如果是未成熟蜜（采回不久的花蜜未经充分酿造，大多是1-2天取蜜，许多营养物质不全面，不充足，不稳定）在适宜的温度条件下（尤其是在夏季），里面的糖酵母菌会容易导致蜂蜜发酵，通常保存一年左右就出现问题。

如果只是刚刚开始发酵或者轻度发酵可直接放在冰箱中保存，低温可以阻止酵母的继续发酵，蜂蜜食用时取出食用后再放回冰箱即可，这种方法不会破坏蜂蜜的活性成分，也阻止了蜂蜜的继续发酵。在蜂蜜未被严重发酵的情况下，可以以此种方法继续食用。

蜂蜜发酵后也可以放在耐热容器中 加热，杀死其中的酵母，以阻止其继续发酵。但这种方法的结果是蜂蜜的活性成分在高温下被破坏，这也是为什么蜂蜜建议用温开水而不能用开水冲兑的原因。蜂蜜经过加热，其色、香、味及酶值等都会受到一定程度的影响。（如果发酵严重，比如酒味、酸味或是其他的怪味道很大的话就建议不要食用了）