蜂蜜的发酵，主要是蜂蜜中耐糖性酵母菌和其他一些细菌在适宜的条件下大量繁殖，把蜂蜜中的糖分转化为酒精和二氧化碳气体，在氧气充足的条件下，醋酸菌再把酒精分解为醋酸和水的过程。蜂蜜发酵以后，就失去了原有的滋味，带有酒味、酸味和厌人的腐败味，品质变劣，降低了食用和利用价值。　　蜂蜜的发酵与蜂蜜中含有酵母菌的数量、含水量的高低、有利酵母菌大量繁殖的适宜温度直接有关，三者相互作用，缺一不可。根据Lochhead对319个蜂蜜样品试验结果，当蜂蜜的含水量在17.1%以下时，无论菌体含量多少，1年之内蜂蜜不会发酵;若含水量在17.1%—18%之间时，每克含1 000个以下菌体的蜂蜜，1年之内不会发酵;若含水量在18.1%—19%时，每克含菌体10个以下能够保持1年，在这种条件下耐糖性酵母就停止生长繁殖;当含水量超过20%时，即有利酵母菌的大量生长繁殖;若含水量超过33%时，酵母菌的繁殖更快。　　另据报道，蜂蜜发酵的适宜温度为11～19℃，在这个温度范围内有利于酵母菌的生长繁殖。但是在更高的温度下，其他种类的细菌、真菌也参与发酵的接个过程，从而加速蜂蜜的发酵，糖分的分解速度加快，品质变质更快。　　为了防止蜂蜜的发酵，除了取成熟蜜，注意盛蜜容器的卫生外，还应特别注意蜂蜜的密封贮存，在10～20℃保持贮存窒通风、干燥。如有条件可保持在5～10℃的低温下贮存，因为低于10℃时，酵母菌就停止生长，发酵即可能停止，因而能有效地防止蜂蜜的发酵和由贮存引起的一些变化(如色泽变深，酸度升高，淀粉酶活性下降，含水量增加)。对轻度发酵的蜂蜜，可采取隔水加热到62.5℃进行处理，保持30分钟，杀死酵母菌，终止发酵，然后装桶密封保存。