蜂花粉中含有多种多样的酶类成分。据统计，已先后从各类植物花粉中鉴定出近90种酶，如山芋花粉中的过氧化氢酶、多种去氢酶、碱性磷酸酶、酸性磷酸酶、还原酶；豚草及谷类花粉中的淀粉酶、蔗糖酶、过氧化氢酶、转化酶、胰朊酶、胃蛋白酶及脂酶等；苹果花粉中的酒化酶；以及某些花粉中的肠肽酶、细胞溶解酶、酪氨酸酶等。1988年，毛德伦等报道了云南混合花粉中酶的分析结果，该花粉含α-淀粉酶10克，转化酶15.18克、纤维素酶36.55克、蛋白水解酶5.80克、磷酸酶0.013克、葡萄糖氧化酶2.1克、磷酸单脂酶1.496克、磷酸二脂酶0.077克。

近年来，人们开始利用花粉同功酶作为鉴定植物亲缘关系的一个新手段，如苹果花粉同功酶可作为鉴定种的准确标准，而用玉米花粉的同功酶则可鉴定不同的基因型。