蜂蜜其实是杀菌利器，蜂蜜里没有细菌，除了糖含量超高之外，蜜蜂酿蜜时加入的蛋白质也起到了帮助。古时候蜂蜜就已经被用于处理伤口防止伤口感染了，现在蜂蜜在经过提纯和标准化处理后也可以在医院里用于处理伤口。第一个原因是含糖量，蜂蜜中约17%是水，其他几乎全是糖。蜂蜜里的糖主要是葡萄糖和果糖两类。可以说蜂蜜是超级过饱和的糖溶液，比正常温度下能溶的糖多得多，很多时候糖最终会析出，也就是蜂蜜结晶了。因此非常“渴望”水分，细菌真菌如果进来了的话会直接被‘“吸干”。因为水分会透过细胞膜从水含量高的地方留到水含量低的地方去。

第二个原因是，蜜蜂酿蜜时往蜂蜜里加入了葡萄糖氧化酶，把葡萄糖转化为葡萄糖酸和过氧化氢，葡萄糖酸作为一种酸使得蜂蜜的ph值在4以下，不适合多数细菌生存。过氧化氢也是杀灭细胞的好手。

还有一个原因是蜜蜂往蜂蜜里加入了抗生素，一些蜂蜜里有称为bee defensin-1的蜂蜜抗菌肽，一种蛋白质。蜂蜜里可能还有甲基乙二醛，新西兰Manuka蜂蜜里含量就很多。

但是，蜂蜜里也可能会有肉毒杆菌(Clostridium botulinum)，它们以孢子形式存在，长成成熟细菌时会生成肉毒素，即使含量只有几百纳克，也有可能使成年人丧命。据估计有10%的蜜蜂体内带有肉毒素孢子。成年人体内的免疫系统足以防御这个问题，不过婴儿免疫系统不够强，在极少数情况下可能会让婴儿中招，这就是为什么给1岁以下的婴儿吃蜂蜜不安全的原因。