蜂蜡性甘无毒。到目前为止，还未见有蜂蜡中毒的报道，根据实践经验，蜂蜡有可能被污染，如脾蜡中的石蜡（用含有石蜡的巢础造的脾）等外源物，这些外源物有可能对使用对象产生毒副作用。另外，脾蜡还可能受到兽药的污染。

外用蜂蜡，如膏药、蜡疗（热敷），只要在生产、使用过程中注意卫生、清洁和消毒，按照要求进行操作，蜂蜡对人是安全的。内服蜂蜡，无论是原料还是成品，必须纯净卫生，即原料为小脾蜡（赘脾）、生产王浆时的房壁蜡，或者是无巢础中蜂艏、野生蜂群的蜂巢蜡。

在蜂蜡生产和药物加工过程中，剔除不符合要求的原料，不与铁、铜、锌等器皿接触；养蜂场提取蜂蜡，不得添加任何添加剂使蜂蜡色泽改变。每一个工序也必须做到卫生清洁，否则，将埋下安全隐患。

临床试验表明，蜂蜡不适合下列疾病的治疗：虚热、高热、急性化脓性炎症、厌气菌感染、恶性肿瘤、活动性肺结核、有出血倾向的疾病、脑动脉硬化、心功能衰竭和温热感觉障碍，1岁以下的婴儿也禁用蜂蜡治疗。