蜂蜜发酵是常见的蜂蜜质量问题这一。由于蜂蜜能吸收空气中的水分，因而浓度逐渐变稀;而未成熟的蜂蜜，含水量也比较高。通常蜜中含水量在21%以上，即有利于酵母菌的生长繁殖。若蜜中含水量超过33%，酵母菌的活动则更频繁。如果酵母菌在蜜中大量繁殖，就会将蜜中糖分分成酒精和二氧化碳，这就是蜂蜜的发酵。　　　　蜂蜜长时间没有吃，在你打开瓶盖时会觉察瓶子里有一股气，而且还有比较刺激的气味，尤其在夏季这种现象更为多见，这种现象是因为蜂蜜中的酵母菌再发酵。　　蜂蜜发酵后，表面会产生越来越多的泡沫，并溢出容器，严重时有胀裂蜜桶的危险。发酵后的蜂蜜，酸度增加，品质变劣，营养成分和风味受到破坏，发酵越严重，破坏程度也越大。故必须事先采取措施，尽可能收成熟蜜(蜜蜂采花蜜后，将其唾腺分泌物装到巢房中，经过酿造、脱水，使含水量降至20%以下，并使双糖充分转化为单糖，葡萄糖和果糖总的含量达70%以上，自然成熟的蜂蜜，通常须要7天时间，具有真正意义上蜂蜜应具备的营养成分)，并在保存中加强管理，避免与潮湿空气接触，以防发酵。未成熟蜜(采回不久的花蜜未经充分酿造，大多是1-2天取蜜，许多营养物质不全面，不充足，不稳定)或是含水量较大的蜜(含水量超过 23%)，在适宜的温度条件下(尤其是在夏季)，里面的耐糖酵母菌会导致蜂蜜发酵。它们会将蜂蜜中的葡萄糖、果糖转化成乙醇、甘油、水等，并释放出二氧化碳，产生气泡。发酵后处理办法：　　如果只是刚刚开始发酵或者轻度发酵直接放在冰箱中冷冻保存，低温可以阻止酵母的继续发酵，蜂蜜食用时取出食用后再放回冰箱即可，这种方法不会破坏蜂蜜的活性成分，也阻止了蜂蜜的继续发酵。但也是只能在蜂蜜未被严重发酵的情况下，可以以此种方法继续食用。　　蜂蜜发酵后也可以放在耐热容器中 60℃ 左右加热，杀死其中的酵母，以阻止其继续发酵。但这种方法的结果是---蜂蜜的活性成分在高温下被破坏，这也是为什么蜂蜜建议用温开水而不能用开水冲兑的原因。蜂蜜经过加热，其色、香、味及酶值等都会受到一定程度的影响，使品质下降。(如果发酵严重，比如酒味、酸味或是其他的怪味道很大，而且蜂蜜颜色变浅，形成泡沫很多的话建议不要食用。)