蜂蜜发酵是常见的蜂蜜质量问题之一。 由于蜂蜜能吸收空气中的水分， 因而浓度逐渐变稀; 而未成熟的蜂蜜， 含水量也比较髙。 通常蜂蜜中含水量在 21%以上时，即有利于酵母菌的生长繁殖; 若蜂蜜中含水量超过 33%酵母菌的活动则更为频繁。　　如果酵母菌在蜂蜜中大量繁殖，就会将蜂蜜中糖分分解成酒精和二氧化碳， 这就是蜂蜜的发酵。研究表明，蜂蜜发酵与水分含量有直接关系。据对 319 个蜂蜜样品试验， 结果为蜂蜜水分超过 20%时容易发酵。　　当水分含量为 19.1%-20%，酵母菌含量<1/克; 水分含量 18.1%-19%， 酵母菌<10/克; 水分含量 17.1%-18%， 酵母菌<1000/克，不容易发酵。当水分含量低于 17.1%时，不会发酵。　　此外，蜂蜜如含水分过多，糖的浓度及其他抑菌成分浓度降低，抑菌能力随之降低，在适宜的温度下，蜂蜜里的酵母菌便会大量繁殖，加快蜂蜜的发酵变质。　　蜂蜜发酵后， 表面会产生越来越多的泡沫，并溢出容器，严重时有胀裂蜜桶的危险。 发酵后的蜂蜜，酸度增加，品质变劣，营养成分和风味受到破坏，发酵越严重，破坏程度也越大。　　对轻度发酵的蜂蜜，应隔水加热到 62°C左右，保持 30 分钟， 即可杀死酵母菌，除掉上面的泡沫， 然后再装桶密封保存。蜂蜜经过加热，其色、香、味及酶值等都会受到一定程度的影响，使品质下降。因此，必须事先采取措施，要购买成熟蜜，并在保存中加强管理， 避免与潮湿空气接触，以防发酵。