形态学研究表明，中国东方蜜蜂种群内遗传变异丰富，个体大小的形态特征和体色均有很大的变异性，它们与海拔高度和纬度的相关性非常显著，变异分析显示：在高海拔、高纬度较冷地区的东方蜜蜂相对低海拔、气温较高地区的蜜蜂来说，其体型较大，颜色也较深。环境因子对蜜蜂形态特征的影响在这里就非常明显。Ⅶ砌他(1996)在研究印度东方蜜蜂的地理形态趋化，ERIEDRICH RUT．7INER(1988)和STETAN FUCH(2000)研究北纬36。西方蜜蜂的自然地理形态趋化，以及TAN KEN，吼n悄(2003)研究中国云南东方蜜蜂形态学和生物地理学时，也曾得出了相同的结论。

在因素分析和聚类分析里，云南的东方蜜蜂仍然被分为云南北方组群和云南南方组群(K．TAN，F．STEFAN，2002)，同时形成的组群还有：El本和韩国形成的组群；马来西亚、泰国、缅甸和印度北部的蜜蜂聚成的组群；华南蜜蜂形成的组群；华中蜜蜂形成的组群；西北蜜蜂形成的组群。可以看出，这些蜜蜂组群与它们的生态环境类型紧密关联。

区辨分析显示，云南南方的东方蜜蜂还是被分配到了原来的云南南方组群，但是云南北方的东方蜜蜂却分别被重新分配到中国北方组群，华中组群和西北组群，这再次支持了TAN KEN，STEFAN(2003)提出的论点，即，云南东方蜜蜂种群内遗传变异丰富，种群中许多形态性状特征表现出较明显的地理变异性；云南地区是亚洲东方蜜蜂分布的“交混区”和“分化区”，是亚洲东方蜜蜂从南到北分布的中间过渡带区域。

随着越来越多不同区域的东方蜜蜂被深入、系统的研究，东方蜜蜂亚种分化的形势也逐渐趋于明朗。

亚种分化是同生态环境紧密相关的，原来吉林的蜜蜂被分为中蜂亚种(Apis cerana cerana)，但通过因素分析、聚类分析和区辨分析显示，该地的蜜蜂应属于日本亚种(Apis ceralla japonic)；云南西北部的东方蜜蜂，原被分为喜马拉雅亚种(Apis cerana himalaya)，通过上述3个分析认为，它们更为接近华中来自亚热带常绿阔叶林的中蜂亚种(Apis cerana cerartn)。

来自海拔为2700m中国西部青藏高原的蜜蜂，在21个与体形大小有关的形态特征测定里，均为最大值，是目前在亚洲已经发现的东方蜜蜂中，其个体最大、颜色最深。在聚类分析里与其它蜜蜂分开，形成独特的一个分枝。

四川安岳和安徽黄山的东方蜜蜂原生活在亚热带常绿阔叶林地区，但在上述3个研究分析里却落入南方热带季雨林组，原因是由于这些标本采自于当地海拔较低的山脚，该地的生态环境与南方热带季雨林的生态环境很相似所致；云南北部的蜜蜂，虽然从地理位置上远离湖北、湖南和甘肃等地，但由于它们均采于生态环境很相似的山区，所以它们的形态特征很接近，该研究与MARINA D．MEXINER(2000)研究肯尼亚当地分布在平原与山地的蜜蜂亚种所得到的结果非常相似。

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