1、药物污染

对蜂群施药以（外用药与内服药）防治病虫害等，都可直接污染蜂蜜，都会造成蜂蜜中的药物残留。

2、环境污染

会使某些蜂蜜中含有肉毒杆菌、重金属含量增加。

3、铁锈污染

锈迹斑斑的摇蜜机是铁污染蜂蜜的第一个来源，而部分锈胃像榔头一样的蜂蜜桶，则是蜂蜜被铁污染的主要原因。

被铁污染后的蜂蜜，兑入茶水中，会使茶水变黑，铁锈味使人不愉快。

注：蜂蜜属弱酸性，与铁接触会发生反应， 从而使铁离子进入蜂蜜中。食用被铁污染的蜂蜜对人体有害。

4、肉毒杆菌

1982年，我国有关部门对进入上海、北京市场的9省28 个地区的60份原料和成品蜂蜜进行检测，未发现肉毒杆菌，而在美国有部分蜂蜜被检测出该病原菌。1986年日本阪口立二对进口蜂蜜进行肉毒杆菌检测，来自我国的蜂蜜被检出率为 7.1%。

研究发现，肉毒杆菌主要来源于饲料、蜂尸和蜜源（花)，成人和大龄儿童食入肉毒杆菌芽孢无害，但能引起1岁以下的婴儿中毒。因此，为安全起见，婴儿和孕妇用蜜，要选择无污染、无异味的蜂蜜。