蜂蜜中所含的氨基酸经常被蜂蜜的高甜度所掩盖， 实际它的种类甚多，其氨基酸的多寡关系到蜂蜜的复杂性。不同品种的蜂蜜各种氨基酸的含量也不相同。一般蜂蜜中含有赖氨酸、组氨酸、精氨酸、天门冬氨酸、苏氨酸、谷氨酸、脯氨酸、甘氨酸、丙氨酸、胱氨酸、缬氨酸、 蛋氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、酪氨酸、尼古丁氨酸等16种氨基酸。这些氨基酸是组成蛋白质的基础物质，是人体必需的重要营养物质。