这是三种值得注意的普遍发生的病毒病种类，因为它们与蜜蜂孢子虫有着密切的联系。

黑蜂王台病毒（Black queen cell virus，BQCV)为直径 30 纳米的等轴粒子，基因组分为单链RNA,分子童为2.8 × 10⁶道尔顿，蛋白质为4组分，分子量分别为6 × 10³道尔顿、29 × 10³道尔顿、32 × 10³道尔顿和34 × 10³道尔顿。

病毒专一侵染王台中的幼虫，病变后王台变成黑色，病虫于前蛹期或蛹期死亡，形成一个类似于囊状幼虫病的坚韧的囊。在育王群中发病率高，多在早春发病。与囊状幼虫病病毒相比，黑蜂王台病病毒在成年蜂和雄蜂体内不易增殖。

蜜蜂线病毒(Filamentous virus，FV)的大小为150纳米 × 450纳米，折叠并外包一层膜，将膜溶开后的大小为40纳米× 3000纳米。基因组分为DNA,分子量为12 × 10⁶道尔顿，蛋白质有12种组分，分子量为13 ×10³〜70 × 10³道尔顿。

本病毒最初曾被误认为是立克次氏体,后经电镜观察确定为线病毒病毒粒子在成年蜂脂肪体和卵巢组织中增殖，被严艰侵染的成年蜂血淋巴变成乳白色，其中带有大量的病毒粒子。

蜜蜂Y病毒（Bee virus Y，BVY）为直径35纳米的等轴粒子，基因组分为RNA,分子量未测，蛋白质分子量为50 × 10³道尔顿，与蜜蜂X病毒有隐约的血清学关系。夏初常于成年蜂上发现,但尚未发现与之有关的症状。

以上三种病毒总是在被蜜蜂孢子虫侵染的成年蜂上发现，但病毒相互之间无任何关系。病毒的增殖与孢子虫无关，仅是均需通过孢子虫在蜜蜂中肠产生的伤口侵入。孢子虫破坏了蜜蜂中肠的上皮细胞，妨碍或阻止了蜜蜂抵抗因子的产生，从而病毒得以从中肠上皮细胞侵入并增殖。而病毒又可能增强孢子虫的致病作用，病毒存在与否，可能是孢子虫毒力变化的重要原因。目前这三种病毒仅在西方蜜蜂中发现,我国尚未见报道。