患有胃和十二指肠溃疡的病人，用蜂蜜治疗后，经X射线检査，50%的溃疡结瘢，有效率达82%。蜂蜜对其他胃肠道疾病如结肠炎、习惯性便秘、老人和孕妇的便秘亦有良好的效果，而且无任何副作用。

蜂蜜有很强的抗菌作用。山西农业大学吕效吾教授研究证实， 蜂蜜的抗菌作用是由于蜂蜜中的葡萄糖氧化酶氧化了蜂蜜中的葡萄糖，产生过氧化氢，当氧化氢积累到一定的浓度，对革兰氏阳性、 阴性菌等多种病菌产生杀灭或抑制作用。他还证明，不同蜂蜜对不同病菌的抑制作用有差异，棉花蜜的抗菌性能最强,可全面抑制链球菌和金黄色葡萄球菌。椴树蜜对球菌属细菌和肠道杆菌均有较强的抑制作用。另有报道：蜂蜜中所含的溶菌酶，对革兰氏阳性菌有溶解作用。蜂蜜能在10小时内杀死痢疾杆菌，24小时内杀死伤寒杆菌、副伤寒杆菌。20%的蜂蜜稀释液，有抑制和杀死大肠杆菌和沙门氏杆菌的作用。因而用蜂蜜治疗肠道疾病，有显著疗效。