作为最主要的授粉昆虫，蜜蜂缺乏免疫系统，对环境污染物缺乏抵抗力，对环境变化十分敏感，因此，常被称为“环境指示器”。现代农业中农药的广泛施用，经常导致蜜蜂群体中毒事件的发生，如仅2006—2007年，《中国蜂业》杂志社就收到关于蜜蜂被锐劲特毒害的信件和稿件等高达120余封。有科学研究表明，农药已经成为了野生授粉生物的最大杀手，田间、果园里的野生授粉昆虫大量被杀死，导致了尽管作物、果树开花多，但是坐果率和结实率低，进而导致产量少等何题。

农药对蜜蜂的影响不仅表现在急性中毒致死方面，还表现在低剂量农药对蜜蜂的各种生理和行为的亚致死效应上，这些低剂量的农药虽然不足以引起蜜蜂的中毒死亡，但是，它会引起蜜蜂的学习、记忆和采集能力的下降，也可引起其生殖能力的下降。2012年《科学》上曾报道，低剂量的新烟碱类杀虫剂能导致熊蜂后代新蜂王数量的减少，并推断这是引起熊蜂种类和数量下降的重要原因。随后，科学家通过对熊蜂工蜂生殖能力的观察再一次验证了低剂量的新烟碱类杀虫剂可引起熊蜂生殖能力的下降。

此外，环境污染同样也是引起蜜蜂等授粉昆虫种类和数量减少的重要原因。环境污染，尤其是水污染不仅直接对蜜蜂造成了污染引起蜜蜂中毒死亡或者引起亚致死效应，而且污染的土壤和蜜粉源植物会使蜂产品受到污染，导致食品安全问题。

气候变化也是引起蜜蜂种类和数量下降的一个重要原因，其中，蜜蜂的行为受光照、气温、风力和降雨等一系列气候因素的影响。研究证明，温度对蜜蜂活动影响显著，当外界温度低于16℃或者高于40℃时，蜜蜂飞行次数显著减少。风速过大也会降低蜜蜂的出勤率，风速达24千米/小时，蜜蜂完全停止飞行。另外，蜜蜂的出巢高峰、飞行强度均和日照强度有密切联系。例如，2003—2005年赖家业等在广西巴马县对珍稀濒危植物蒜头果的授粉生物学的研究中，记录蒜头果的访花昆虫共有8目36科43种，授粉昆虫有7目18科19种，其中，蜜蜂的访花频率最高。经过连续3年的观察，发现阴雨天气对昆虫访花活动和授粉效果的影响是蒜头果濒危的重要原因之一。中国北方的沙尘暴对蜜蜂来说也是一种灾害。沙尘暴可导致蜜源植物泌蜜的停止，也会降低蜜蜂的活动频率，蜂群无法采集花蜜和花粉或采集的机会减少，这就使得授粉过程受阻，进而导致蜂群群势减弱、蜂场收成受损。