植物种类不同或采集季节不同，花粉会呈现不同的颜色，如黄色、黄绿色、褐色、深黄色等，但大部分花粉为淡黄色或栗色，如油菜花粉为黄色，向日葵花粉为橘黄色，荞麦花粉为暗褐色等。

不同植物种类的花粉形状和大小有很大的差别，在光学显微镜和扫描电子显微镜下可以观察到花粉的立体形状和大小。根据花粉形状可以分为长球形、扁球形、近球形、棱球形、三角形、四角形等。花粉粒子的直径一般在30〜80μm，最小的直径不足10μm，最大可达200μm。

新鲜花粉带有植物的清香，味道稍甜略带苦味。不同种类的花粉口感略有差别。例如，茶花粉味清香、微甜，无特殊的花粉味，易为人们所接受；荞麦花粉臭味重，口感较差，但是营养价较高，因此，在加工荞麦花粉时应尽可能除去异味，提高感官质量。

花粉的外壁较一般植物细胞的外壁厚，其主要成分为孢粉素、纤维素和果胶质，外壁的雕纹变化很大。绝大多数花粉还具有萌发孔和萌发沟。萌发孔的形状、结构、位置、数目及大小往往因不同植物种属而不同。由于花粉壁的主要成分是孢粉素，它异常地能抵抗化学物质、高温和各种有机物质的自然腐蚀，这就是花粉可作为化石植物保存下来的主要原因。