蜂蜜中的其他物质是指蜂蜜中存在的花粉、色素、蜡质、抗菌物质和生物活性物质等。蜂蜜中存在的花粉是蜜蜂采集花蜜时带来的。根据资料介绍，蜜蜂群中有25%的蜜蜂负责采集花粉，有58%的蜜蜂负责采集花蜜。蜜蜂采集来花粉，由其自身用蜂蜜、花蜜和唾液把花粉包裹起来，然后把它当作“蜂粮”。小蜜蜂在出房大约2h后就开始食用花粉了，5日龄的蜜蜂就把花粉作为主要的“食粮”了。在取蜜过程中，一部分花粉也分离在蜂蜜中，所以，蜂蜜中以什么品种的花粉为主，也说明该蜂蜜就是什么花种之蜂蜜，例如油菜蜂蜜，其中以油菜花粉为主。一般蜂蜜中本花蜜的花粉粒含量至少占蜂蜜中总花粉粒含量的20%以上。紫云英蜂蜜中的紫云英花粉粒占蜜中总花粉粒的40%~50%。但是有些蜜源植物的蜂蜜，如椴树蜂蜜，其椴树花粉粒的含量不到花粉粒总含量的20%，这可能是椴树开花时，花粉粒含量不多，因而蜂蜜采集椴树花蜜时带回蜂巢中的花粉粒相对较少。

蜂蜜中的色素是指蜂蜜中存在的胡萝卜素、叶绿素、叶绿素衍生物以及叶黄素等，这些色素是蜜蜂从采集的花蜜中得到的或者是花粉中的色素溶解在蜂蜜中的。应该引起注意的是：蜂蜜受热后，糖类发生褐变也加深了蜂蜜色泽，这不是天然色素，而是由于非酶促褐变产生的褐色物质。

蜡质也是蜂蜜中存在的物质。如果蜂蜜过滤纯净，蜡质也不应该存在于蜂蜜之中了。

蜂蜜中的生物活性物质还包括维生素和矿物质等，它们的存在对于蜂蜜发挥保健作用起着重要作用。例如：蜂蜜能促进牙齿生根，增加豚鼠关节硬度，还有能促进动物食欲等功能，这些都是蜂蜜中生物活性物质作用的功效。据资料介绍，蜂蜜中类胆碱功能被认为是由于蜂蜜中含有胆碱和乙酰胆碱而拥有的。

蜂蜜中含有抗菌物质是由于蜂蜜有防腐作用,并且在治疗创伤、烧伤及其他失调症状等有疗效作用而推论出来的。现在人们了解到，蜂蜜的抗菌作用除了由于它含有大量糖类而有抑制作用外，还由于存在葡萄糖氧化酶，在对蜂蜜中葡萄糖作用形成葡萄糖酸的同时，产生过氧化氢，过氧化氢具有很强的抑制细菌的作用，是蜂蜜中的一种抗菌物质。实验证明，将不同的病原菌接种到蜂蜜中后，可发现这些细菌被蜂蜜中的抗菌物质所杀死，蜂蜜中高浓度的糖类对细菌也会产生很强的渗透力，起到破坏细菌细胞的作用。我国生产的蜂蜜中还未发现有芽抱菌的存在。

蜂蜜中还含有极少量的甘露糖醇和己醇等糖醇类化合物以及哦哆醇和单宁物质等，这些物质的存在依蜂蜜的种类不同而异。